一、數字PCR儀之間的差別對實(shí)驗結果的影響。沒(méi)有任何兩臺PCR儀器的溫度控制是一模一樣的。相對于預設的溫度模塊溫度總是偏高或偏低，就是同一模塊不同的孔之間，溫度有時(shí)也會(huì )不一樣，相差可能達幾攝氏度之多。一些PCR儀溫度控制性能的不足造成的后果是：當PCR儀的模塊溫度在升溫時(shí)，溫度過(guò)沖或不足，不能準確的達到預設的平臺溫度。

　　二、溫度控制技術(shù)的差別對實(shí)驗結果的影響。導致PCR儀溫度控制性能優(yōu)劣的因素，首先是溫度控制技術(shù)。調節PCR儀模塊的溫度，使其達到并保持在某一溫度有很多方式。每一種方式都有優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)。另外，這些技術(shù)被運用控制的水平對于溫度控制的水準是很重要的，且有很大不同。大多數數字PCR儀的溫度控制性能是很差的。在單一或多傳感器控制機制上的不同顯而易見(jiàn)的引起了溫度的不均一性。

　　三、儀器老化對實(shí)驗結果的影響。雖然PCR儀沒(méi)有任何的機械或可移動(dòng)部件，但是那并不意味著(zhù)它不會(huì )磨損。電子器件的性能會(huì )隨著(zhù)時(shí)間的延長(cháng)而老化，并由于過(guò)度的使用而加速老化。Peltier器件的失效或磨損會(huì )引起模塊的熱斑或冷斑，通常PCR儀器不能識別這種由于機械磨損，模塊延展和收縮效應引起的溫控性能的不同。因此，為掌握這些情況，實(shí)時(shí)監測PCR儀的溫度控制性能是重要的。出于同樣的原因，PCR儀溫控性能的失常通常是實(shí)驗失敗或毀壞循環(huán)反應的重要原因。

　　四、外部因素對實(shí)驗結果的影響。不同數字PCR儀品牌與型號在溫度控制性能上的不同直接影響了三種溫度平臺的溫度的準確性和不均一性，因而影響了整個(gè)PCR反應的實(shí)驗結果。另外，升溫速度的不同，溫度下降梯度的不均一性，溫度過(guò)低，溫度過(guò)沖，也是重要的因素。最差的情況，一個(gè)本該陽(yáng)性的結果卻可能得出陰性的結果。對于實(shí)時(shí)PCR，熒光信號輸出和產(chǎn)量/溶解曲線(xiàn)，直接與溫度控制有關(guān)系，而這些結果很可能是戲劇性的。